V současné době zahrnují biologové do této domény pět říší:

Mimo tyto domény a říše stojí velká skupina předbuněčných forem označovaných jako viry (nebuněčné typy).

Struktura a složení eukaryotní buňky je mnohem složitější a buňka je mnohem větší než buňka prokaryotní.

Uvnitř buňky je pravé jádro a buněčné struktury, které nazýváme organely. Prostor buňky je vyplněn cytoplazmou někdy nazývanou cytozol. Na komplexy bazických bílkovin histonů je vázaná jaderná DNA, která má větší počet chromozomů a každý má dva konce. Jádro je od cytoplazmy odděleno jadernou membránou, která je tvořena vnější a vnitřní membránou.

Obsahem jaderné membrány jsou jaderné póry a struktury komplexních bílkovin. Jaderná membrána zajišťuje výměnu materiálu mezi jádrem a cytoplazmou. V jaderném obalu jsou ohraničené dutiny tzv. endoplazmatické retikulum. Většina dějů, jako tvorba sekretů a biosyntéza membránových útvarů probíhá právě v endoplazmatickém retikulu. U prokaryotní buňky tohle všechno obstarává sama plazmatická membrána. Právě pravidelná a uspořádaná soustava buněčných membránových útvarů je charakteristickou vlastností eukaryotní buňky.

Kromě membránových organel obsahuje eukaryotická buňka cytoskelet, což je soustava vláknitých bílkovinných struktur. Cytoskelet zajišťuje dělení jádra, které je mnohem složitější než dělení prokaryotického chromozomu.