Zahrnují fyzikálně-chemické střety jednotlivých látek a nežádoucí změny, ke kterým dochází. Farmaceutické interakce můžeme pozorovat v samotné lékové formě (mimo organismus) – např. vysrážení, oxidace, které vedou ke znehodnocení přípravku. Výsledkem je buď snížení účinnosti nebo zvýšení toxicity (i dohromady). Při přípravě se nesmí mísit látky, jejichž inkompatibilita je známá. Léčiva jsou většinou slabé organické kyseliny a báze a většinou jsou ve formě solí, aby byly rozpustné. Smíšení různých roztoků, především určených pro intravenózní aplikaci, může vést k nestabilitě, případně k precipitaci látek, vzhledem k malé pufrovací kapacitě a případné změně pH. Rovněž ředění látek v roztoku může vést k jejich nestabilitě. Inkompatibility mohou, ale nemusí být okem zjistitelné. Při intravenózní aplikaci léčivých přípravků je nezbytné dodržovat informace a pokyny výrobce [2].

Dalším aspektem jsou inkompatibility, které probíhají při vstupu do organismu. Dojde ke vzniku komplexu určitého léčiva s určitou potravinou, který je neúčinný, nebo jen velmi slabě účinný. Typickým příkladem jsou tetracyklinová antibiotika, která se nesmí užívat s mléčnými výrobky, ani jinými potravinami, či léky, které obsahují dvojmocné ionty vápníku, hořčíku, zinku apod. Touto interakcí dochází ke vzniku komplexu, který je méně účinný.