Při Crohnově nemoci se zánětlivý proces může objevit ve kterékoli části trávicího ústrojí a postihuje celou střevní stěnu. Postižení je segmentární, postižené úseky střídají úseky zdravé sliznice. Zasahuje zejména terminální ileum (obr. 2) a oblast ileocekálního přechodu. Následuje postižení tračníku (tlustého střeva), lačníku (nejdelšího úseku tenkého střeva) nebo oblast konečníku. Nejméně častou lokalizací je oblast jícnu, žaludku a dvanáctníku. Byly popsány i netypické lokalizace téměř ve všech částech trávicí trubice (žaludek, jícen i dutina ústní). Téměř vždy se lokalizace zánětu vzájemně kombinují. Většina nemocných dospěje během života ke komplikacím v podobě stenóz a píštělí. Při agresivním průběhu může zánět vést k porušení funkce análních svěračů a k inkontinenci. Dochází i k tvorbě abscesů, zejména při lokalizaci onemocnění na tlustém střevě nebo konečníku, a obávanou komplikací je perforace střeva. Téměř tři čtvrtiny nemocných jsou tak v průběhu života nuceny podstoupit chirurgický zákrok, riziko vzniku komplikací, píštělí a nádorů stoupá s celkovou délkou trvání choroby, se špatnou odpovědí na léčbu, s četností relapsů apod. Klinický obraz je dán rozsahem a lokalizací zánětu. Postižení jejuna a ilea vede ke ztrátě absorpční plochy. Důsledkem je malabsorpce a steatorea. Vzniká hypovitaminóza, hypalbuminemie, hypokalcemie či koagulopatie (viz slovníček pojmů).[23]

Ulcerózní kolitida postihuje primárně sliznici konečníku a tlustého střeva. Zánět vždy postupuje od konečníku výše a neprostupuje celou stěnou střeva, ale zasahuje pouze sliznici. Jen výjimečně dosahuje zánět i hlubších struktur střevní stěny. Dle rozsahu postižení hovoříme o proktitidě, kdy je postižen pouze konečník (rectum), případně esovitá klička (colon sigmoideum). Při levostranné formě, což je nejčastější typ, je postižena levá polovina tračníku pacienta (konečník, esovitá klička a sestupný tračník). Extenzivní forma je pak ještě rozsáhlejší než levostranná forma a zánět dosahuje ještě dále směrem k tenkému střevu (obr. 4).

Pro průběh ulcerózní kolitidy je typické střídání klidových fází s obdobími vysoké zánětlivé aktivity s klinickými obtížemi. Píštěly a abscesy se u UC obvykle nevyskytují, ale mezi komplikace způsobené akutním průběhem zánětu patří toxické megakolon, masivní krvácení, perforace střeva, stenózy. Většina z nich je důvodem k chirurgickému zásahu. [23]